故事发生在近千年后的地球。人工智能与人类的大战后，大地上怪兽“太岁”横行，自然环境与社会形态都发生巨变。人类发明了“BOX”——椟匣相关的各一系列新技术，以猛兽匣为搭档，与敌人展开了激烈抵抗。 能够与猛兽匣伙伴“共振”的精英们，被称为匣兽师。原本无人问津的问题匣兽师六马被小恐龙猛兽匣“狄奥”选中，开始执行保卫城邦的任务。在艰苦的训练中六马结识了诸多匣兽师和他们的猛兽匣伙伴，他们接到驰援“朱雀城”的命令，故事由此开启……